Auffallend auch, dass dieser aktive Beginn einer Kirchenmusik mit dem Erstarken des Bürgertums einhergeht: zwei Jahrzehnte nach den ersten Erwähnungen wird Eisenstadt im Jahre 1648 Freistadt. Aber wie auch die Gemeinde mit dem Hause Esterházy in Beziehung bleibt, so bleibt auch die Verbindung zwischen den fürstlichen und den an der Stadtpfarrkirche tätigen Musikern bestehen. Denn es dürfte einen regen Austausch an "Personal" gegeben haben - in beide Richtungen. Sowohl bei feierlichen Gottesdiensten oder Wallfahrten als auch bei höfischen Festen dürfte man auf die "anderen" Musiker zurückgegriffen haben.
Diese Verbindung war fruchtbar. So wird 1683 erstmals ein Kirchenorchester eingeführt, 1689 ein Archiv angelegt (heute eine gefragte Informationsquelle für Musikwissenschaftler) und bedeutende Musiker angestellt. Besonders erwähnt werden muss dabei Haydns Vorgänger als fürstlicher Kapellmeister - Gregor Josef Werner. 1728 an den fürstlichen Hof engagiert, war er auch für die Kirchenmusik zuständig und hat eine Fülle an geistlicher Musik hinterlassen. An Hand dieser Hinterlassenschaft kann man übrigens auch die damals übliche Besetzung der Werke feststellen. Grundlage war bereits, sofern es sich nicht um spezielle Arien gehandelt hat, der 4-stimmig gemischte Chor, der meist begleitet wurde durch zwei Violinen und Basso continuo - also Orgel und Kontrabass. Nur bei festlicheren Anlässen (und wenn entsprechende Musiker vorhanden waren) traten Bläser und Pauken hinzu.